La Pomme séduit le monde scientifique

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L’Université du Colorado, elle aussi, se sert d’un cluster de Xserve. Pour modéliser en détail certains aspects des fonctions neuronales, elle a monté une grappe de 30 Xserve. Plus surprenant et plus ludique : un chercheur du Centre Hubbard utilise l’iPod pour stocker le génome humain ! Apple dans les labos, le début d’une longue histoire ?

L’utilisation du Xserve en cluster est une affaire très récente (voir édition du 19 novembre 2002) : les premiers Xserve, présentés au mois de mai dernier, n’ont été commercialisés qu’en juillet 2002 et les premiers résultats de la mise en cluster datent eux de début novembre. De plus, on n’attendait le vrai décollage du Xserve qu’une fois la baie de stockage RAID en mesure d’en faire une solution professionnelle complète commercialisée (voir édition du 5 septembre 2002). En ce qui concerne cette dernière, Apple a timidement indiqué cette semaine qu’il ne fallait pas compter sur son arrivée avant début 2003. Ce retard n’arrête pas la communauté scientifique. Pour preuve, le département de biologie de l’Université du Colorado, qui a mis en place un cluster de Xserve de 30 noeuds pour répondre à un besoin très spécifique : réaliser l’analyse “biophysique de calcul dans les dendrites des neurones”. Rien que ça ! Pour information, les dendrites sont les petits liens qui relient les neurones les uns aux autres. Le cluster de Xserve en question tourne sous Linux par l’entremise de Yellow Dog et Black Lab, une solution signée Terra Soft, un spécialiste des solutions Linux-PowerPC. Quant au logiciel utilisé pour analyser les dendrites, il a été développé en interne par un professeur de mathématiques, Jeffrey Fox. “De mon point de vue, il va y avoir une croissance exponentielle de la demande pour les calculs de haute performance dans le domaine des sciences biologiques”, a indiqué le scientifique à nos confrères de MacDirectory. La mise en place de clusters dans les universités et les laboratoires de recherche supposent la prise en compte de particularités et cela devrait profiter à Apple : “La nature même des gens qui utilisent ces technologies impose des solutions où l’assemblage matériel et logiciel doit être réduit au strict minimum, sans quoi les petits labos ne seront pas en mesure d’accéder à l’informatique sous clusters. Bien que le calcul sous clusters ne soit pas une affaire gagnée d’avance, plus on s’approche de ce dont est capable une station de travail, plus la solution paraît indiquée aux petits laboratoires. (?) Pour exemple, aucune des personnes impliquée dans notre projet (de cluster, Ndlr) n’était experte en calcul en parallèle, en science de l’informatique ou en mathématiques appliquées.”.

Que le Xserve ait été retenu par l’Université du Colorado n’est pas à proprement parler une surprise : le professeur Fox avait déjà, quelques mois auparavant, monté un cluster de PowerMac avec TerraSoft (voir édition du 3 mai 2001). Le rapport prix/performances et la vitesse de transmission des messages entre les Mac grâce à l’Ethernet 1 gigabit dont elles étaient déjà équipées en faisaient d’emblée les machines idéales.

L’iPod au service de la recherche

Le Xserve n’est d’ailleurs pas le seul équipement Apple plébiscité par certains scientifiques : l’iPod en est un autre. Il sert au professeur Will Gilbert dans ses recherches sur le génome humain ! Directeur du groupe de bioinformatique du Centre Hubbard d’études sur le génome à l’université du New Hampshire, ce professeur est certainement l’un des premiers à avoir transformé son baladeur MP3 en unité de stockage des séquences de gènes ! La raison de ce choix : l’iPod (voir édition du 1 mars 2002) et son Mac lui permettent d’accéder plus rapidement aux données que s’il avait à les retrouver sur le réseau interne de l’université ! “Je pense que cela vient du système Plug-and-play d’Apple (FireWire, Ndlr). Vous n’y pensez pas, vous glissez un fichier dessus et celui-ci est copié. Cela ne vous empêche par ailleurs pas, dans la foulée, d’y brancher un casque et d’écouter votre musique”, a indiqué Gilbert à nos confrères de Wired. Will Gilbert, pour réaliser ses recherches de décodage du génome humain, utilise la version modifiée par Apple et la société de recherche Genentech de BLAST, l’application de décodage mise au point par le centre national pour l’information biotechnologique. Selon lui, la version proposée par Apple et Genentech s’avère 50 fois plus rapide que la version originale du logiciel sur la tâche qu’il lui demande : la comparaison de 200 000 paires génétiques de base simultanément. Une tâche 100 fois plus complexe que celles habituellement demandées par les chercheurs et qui prend moins de 20 secondes sur un Mac !

Ces choix technologiques, validés par des spécialistes reconnus dans leur domaine, cachent en fait une importante bataille de fournisseurs. Le plus apte d’entre eux à livrer des solutions à haute capacité de calcul, accessibles et simples à utiliser par les chercheurs, emportera le marché. Et la Pomme semble, cette fois, bien placée dans la course !


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